В 2013 году Менезес перешёл из бразильской «Витории» во вторую команду португальской «Браги». Агдон провел в Португалии еще 9 лет, играя за «Мерелиненсе», «Оливейренсе», «Фейренсе» и «Варзим».
Во второй лиге Португалии Агдон провел 149 матчей, забил 25 голов и сделал 12 результативных передач.
В сезоне 2019/20 Менезес стал лучшим бомбардиром второй сильнейшей лиги Португалии, забив 13 голов в составе «Оливейренсе». В розыгрыше кубка и кубка лиги той же страны наш новичок провел 9 матчей и забил два гола и две голевые передачи.
С сезона 2022/23, бразилец начал играть в Армении. Нападающий защищал цвета «Арарат-Армении» и «Алашкерта», приняв участие в 56 матчах (9 голов, 4 передачи).
В составе «Арарат-Армении» и «Алашкерта» Агдон принял участие в 6 играх Лиги Конференций; в квалификационном раунде Кубка Европы Менезес 3 раза отличился, забив хет-трик в ворота тиватского «Арсенала».
